Si l'on utilise des bagues, le brossage des dents doit être effectué avec encore plus de soins et de minutie qu'en temps normal. Les microbes, les bactéries ont beaucoup plus de recoins où se cacher. Bien brosser ses dents permet aux dents de se déplacer dans une gencives saine, sans frottement (pas de saleté sur les fils ralentissant les déplacements).
Les premiers signes d'une hygiène mal adaptée sont une gencive qui rougit, gonfle ou saigne lors du brossage. Dans ce cas, il ne faut surtout pas éviter les zones sensibles qui saignent, mais au contraire augmenter la fréquence et la durée du brossage à leur niveau.
Dans le cas d'un brossage insuffisant, sur une période plus longue, un dépôt de plaque dentaire autour des bagues et à la limite de la gencive peut entraîner un début de déminéralisation de l'émail se traduisant par des marques blanchâtres. Dans un premier temps, ces marques sont réversibles à l'aide de traitements fluorés, mais irréversibles à un stade plus avancé, le stade suivant étant une carie. Dans ces deux derniers cas, il peut être indiqué de retirer l'appareil même si le traitement n'est pas terminé.
C’est pourquoi, il est impératif de bien se brosser les dents après chaque repas, notamment entre les gencives et l’appareil, car les bactéries s’y développent préférentiellement. Une brosse à dents électrique n’est pas incompatible avec un traitement d’orthodontie, mais une brosse à dent classique peut suffire. La brosse utilisée doit être à poils souples, avec une tête de petite dimension pour accéder à tous les recoins (Des poils trop durs peuvent user votre émail de façon importante sur le long terme). En complément, il est possible d’utiliser des brossettes interdentaires, des hydropulseurs et des fils dentaires pour atteindre les zones situées entre les dents et derrière les fils.
Le dentifrice doit être fluoré pour renforcer l’émail et donc vous protéger des caries. Les bains de bouche antiseptiques ne doivent pas être utilisés quotidiennement en dehors des cures prescrites par le dentiste.